Le conseil scientifique est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique.
Il donne son avis sur les grandes orientations de la politique scientifique de l'institut et notamment sur ses programmes de recherche scientifique et technologique, ainsi que sur les programmes exécutés en coopération avec d'autres organismes de recherche. Il donne son avis sur les activités de valorisation, d'information et de formation, sur les principes communs d'évaluation des unités et des personnels de recherche, ainsi que sur toute question qui lui est soumise par le président de l'institut.
Il est consulté sur la création, la modification ou la suppression des départements scientifiques et la nomination de leurs directeurs, et, après consultation des commissions compétentes, sur la création, la modification ou la suppression des unités de recherche et des unités de service de l'institut et la nomination de leurs directeurs.
Le conseil scientifique comprend au moins 50 % de membres extérieurs à l'établissement. Il doit comprendre des personnalités étrangères. Il est composé en nombre égal de membres nommés conjointement par les ministres chargés de la tutelle de l'établissement et de membres élus par les personnels de l'IRD et par les personnels associés aux activités de l'institut. Le mandat de ses membres est d'une durée de quatre ans, non immédiatement renouvelable. Le conseil élit son président en son sein.
Le conseil se réunit au moins deux fois par an sur convocation du président de l'institut, qui fixe l'ordre du jour en concertation avec le président de cette instance. Ce dernier peut inscrire des points complémentaires à cet ordre du jour à son initiative ou à celle du quart au moins de ses membres.
Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par le conseil scientifique.
Le président du conseil scientifique peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, des personnalités choisies en raison de leur compétence.
Un arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut fixe la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique ainsi que les modalités de désignation de ses membres et de son président.