L'institut dispose d'unités de recherche et d'unités de service.
Une unité de recherche est un regroupement temporaire de personnels qui relèvent de l'institut ou d'un organisme extérieur à celui-ci pour mener à bien un projet scientifique déterminé soumis à évaluation.
Une unité de service est un regroupement de personnels qui relèvent de l'institut ou d'un organisme extérieur à celui-ci pour assurer la mise en oeuvre, la coordination et la gestion déconcentrée des activités scientifiques et techniques de l'établissement.
Les unités de recherche et les unités de service sont créées, modifiées ou supprimées par décision du président de l'institut prise après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique et le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires. Elles sont dotées d'instances consultatives où sont représentés leurs personnels, selon des modalités précisées par le règlement intérieur de l'institut.
Le directeur d'une unité de recherche ou d'une unité de service est nommé par le président de l'institut, après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique et le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires, pour une durée qui ne peut excéder quatre ans ; il ne peut exercer cette fonction au-delà de huit ans.
Le président de l'institut peut mettre fin aux fonctions d'un directeur d'unité après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique et le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires s'il estime que son maintien est de nature à compromettre le fonctionnement de l'unité. En cas d'urgence, et le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires, il peut suspendre son mandat préalablement à la saisine de ces instances. Il est alors tenu de les saisir lors de leur plus prochaine séance.