Le président de l'institut est responsable de la politique générale de l'institut. Il en assure la direction scientifique, administrative et financière, il gère le personnel.
Le président de l'institut est nommé pour quatre ans par décret en conseil des ministres, sur proposition du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement. Ses fonctions sont renouvelables une fois.
II assure, en liaison avec les départements ministériels concernés, les relations de l'établissement avec les partenaires nationaux et étrangers ainsi qu'avec les organisations internationales intervenant dans son domaine d'activité.
Il prépare et met en œuvre les délibérations du conseil d'administration.
Il arrête notamment les projets de programmes généraux de recherche préparés avec le concours du conseil scientifique et détermine les moyens nécessaires à leur réalisation.
Il nomme les représentants de l'institut dans les départements d'outre-mer, dans les collectivités d'outre-mer et en Nouvelle-Calédonie, dans les pays étrangers et auprès des organismes internationaux.
Il représente l'institut en justice et passe tous actes, contrats ou marchés, et notamment les contrats internationaux. Il procède à toutes acquisitions, tous dépôts ou cessions de brevets ou licences.
Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.
Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux directeurs généraux délégués et à d'autres agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité, un département ou un service de l'établissement ou dans une unité commune avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.
Il peut déléguer sa signature.