La conférence nationale de l'industrie est présidée par le Premier ministre, ou par le ministre chargé de l'industrie qui le supplée en cas de besoin.
Le Premier ministre désigne un vice-président, choisi parmi les membres du collège des personnalités qualifiées de la CNI. Celui-ci est assisté d'un bureau, chargé de l'organisation, de la coordination et de l'animation des travaux de la conférence nationale de l'industrie. Ce bureau est composé, outre le vice-président :
― d'un membre du « collège des entreprises industrielles », désigné par celui-ci ;
― d'un membre du « collège des salariés de l'industrie », désigné par celui-ci ;
― d'un secrétaire général désigné par le ministre chargé de l'industrie, qui assure en outre le secrétariat de la conférence nationale de l'industrie.
Chacun des membres de ce bureau peut être assisté par une personne de son choix.
La conférence nationale de l'industrie est rattachée pour sa gestion administrative et budgétaire au ministre chargé de l'industrie.