L'IESR a pour mission de participer à la formation initiale et continue des enseignants et des formateurs des établissements d'enseignement et de formation, pour la connaissance des faits religieux, notamment par des cours et séminaires, en favorisant la publication d'ouvrages pédagogiques et par la constitution d'une documentation directement accessible, en particulier par internet.
Il organise, à la demande d'autres partenaires institutionnels, des actions de formation visant à diffuser dans la société la connaissance du fait religieux.
L'IESR a comme interlocuteurs privilégiés les recteurs, les responsables des instituts universitaires de formation des maîtres, les inspecteurs des disciplines concernées par l'enseignement du fait religieux ainsi que les instances européennes compétentes et les institutions internationales, pour permettre une meilleure connaissance des modalités d'enseignement des religions et pour favoriser une réflexion commune sur le contenu des enseignements.
L'IESR a une activité de recherche concernant l'enseignement des faits religieux en France et en Europe. Il organise, seul et avec des partenaires français ou étrangers, des séminaires, colloques et programmes de recherche concernant son objet de recherche. Il peut être habilité à constituer une bibliothèque rassemblant les ouvrages pédagogiques et didactiques spécialisés dans l'enseignement des religions.
Pour l'exercice de ses missions, l'IESR s'appuie sur les compétences scientifiques de l'Ecole pratique des hautes études. Il est habilité à développer un réseau régional qui contribue à ses travaux au plan local en liaison avec, notamment, les recteurs d'académie, les responsables des instituts universitaires de formation des maîtres et des inspections d'académie.