Outre son président, le conseil de direction comprend :
- le directeur et le directeur adjoint de l'IESR ;
- le doyen de la section chargée de l'enseignement des sciences religieuses, ou son représentant ;
- un représentant élu du personnel de l'IESR ;
- un représentant élu des usagers de l'IESR ;
- seize personnalités qualifiées extérieures à l'Ecole pratique des hautes études.
Les personnalités qualifiées sont nommées pour moitié par le président du conseil de direction, dont cinq sont proposées respectivement par les ministères chargés de l'éducation nationale, des affaires étrangères, des affaires sociales, de la culture et de l'intérieur, pour un quart par le directeur de l'IESR et pour un quart par le conseil d'administration de l'Ecole pratique des hautes études.
Le mandat des élus et des personnalités qualifiées est d'une durée de quatre ans. Il est renouvelable une fois.
Les modalités d'élection des représentants élus sont fixées par le règlement de l'IESR.
L'agent comptable siège avec voix consultative lorsque l'ordre du jour le requiert. Le conseil peut, en fonction de son ordre du jour, entendre toute personne qualifiée dont il souhaite recueillir l'avis.