La sous-direction des missions de protection et d'éducation élabore, en liaison avec les autres directions du ministère, les réflexions et les normes juridiques ainsi que les références pédagogiques et institutionnelles intéressant la protection de l'enfance et de la jeunesse, la prévention et le traitement de la délinquance juvénile, dans le cadre des compétences du ministère de la justice. Elle assure le pilotage national des activités de protection judiciaire confiées aux structures quel qu'en soit le statut. Elle suit l'ensemble des dossiers relevant de sa compétence au plan international et est associée aux négociations ainsi qu'au traitement du contentieux européen et international concernant la protection judiciaire de la jeunesse.
Elle audite les directions interrégionales et l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse selon un calendrier régulier et prévisionnel. Elle assure la coordination des audits thématiques réalisés par les directions territoriales de la protection judiciaire de la jeunesse pour en retenir les éléments d'intérêt national pouvant être repris par la direction de la protection judiciaire de la jeunesse dans ses orientations.
Elle assure la coordination des audits effectués par les directions territoriales de la protection judiciaire de la jeunesse et les conseille dans l'exercice de leur propre fonction de contrôle.
Elle a la responsabilité de l'ensemble des questions relatives à l'évaluation intéressant la direction de la protection judiciaire de la jeunesse.