Le recteur d'académie ou le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt exerce la fonction de commissaire du Gouvernement auprès du groupement d'intérêt public. Il peut se faire représenter. Il assiste, avec voix consultative, aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration du groupement.
Le commissaire du Gouvernement exerce les compétences suivantes :
1° Il reçoit communication de tous les documents relatifs au groupement ;
2° Il dispose d'un droit de visite dans les locaux appartenant au groupement ou mis à sa disposition ;
3° Il approuve le recrutement de personnel propre par le groupement ;
4° Pour les décisions qui mettent en jeu l'existence ou le bon fonctionnement du groupement, il peut provoquer une nouvelle délibération dans un délai de quinze jours à compter de la date à laquelle le procès-verbal de la séance lui a été communiqué ;
5° Il informe les administrations dont relèvent les établissements publics participant au groupement ;
6° Il adresse chaque année au ministre chargé de l'éducation, au ministre chargé de l'enseignement supérieur ou au ministre chargé de l'agriculture et au ministre chargé du budget un rapport sur l'activité et la gestion du groupement.