Le projet de budget de l'établissement public local est préparé par le directeur. Il doit être soumis au vote du conseil d'administration et adopté en équilibre réel dans le délai de trente jours suivant la notification de la participation de la région. Il est transmis au représentant de l'Etat, à la collectivité de rattachement ainsi qu'au directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt dans les cinq jours suivant le vote.
Sans préjudice du contrôle de légalité par le représentant de l'Etat, le budget devient exécutoire dans un délai de trente jours à compter de la dernière date de réception par chacune de ces trois autorités sauf si la collectivité de rattachement ou le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt a fait connaître son désaccord motivé. Dans ce cas, ou lorsque le budget n'est pas adopté dans les trente jours suivant la notification de la participation de la collectivité de rattachement, il est fait application de la procédure prévue aux e et f de l'article L. 421-11 du code de l'éducation.
Le budget, dès qu'il est adopté ou réglé, est transmis à l'agent comptable.