Trois missions transversales sont directement rattachées au directeur général :
La mission de soutien : elle assure la fonction de synthèse de la direction générale, le suivi des relations institutionnelles et, en lien avec la direction des personnels et de l'adaptation de l'environnement professionnel, elle assure la gestion des ressources humaines et la politique de formation, la gestion du budget et des marchés, contrats et conventions, ainsi que la logistique et l'informatique. Elle est chargée du contrôle de gestion de la direction générale.
La mission des relations internationales : elle assure la représentation de la direction générale dans les enceintes internationales traitant des sujets relatifs à la modernisation de l'Etat, notamment les groupes de travail de l'Union européenne et le comité de la gouvernance publique de l'OCDE. Elle coordonne les actions internationales de chaque service, notamment en matière de comparaisons de pratiques.
La mission de la communication : elle coordonne et anime la stratégie de communication sur la modernisation de l'Etat, en lien avec le service de communication du ministère ; elle anime les actions de communication propres à la direction générale.