Le secrétaire général assure la synthèse des budgets des ministères. En liaison avec les directeurs et chefs de service et les responsables de programme, il conduit la procédure de préparation budgétaire pour l'ensemble des programmes des ministères et propose aux ministres des arbitrages relatifs aux emplois et aux crédits. Il suit l'exécution des programmes budgétaires relevant des ministères. Il contribue à la définition des modalités d'évaluation de la performance et du contrôle de gestion dans les directions et services, en coordonne la mise en place et en assure le pilotage national.
Il coordonne au niveau ministériel la mise en œuvre des nouveaux processus et systèmes d'information budgétaires et comptables.
Il assure des prestations spécifiques de gestion budgétaire et financière, en dépenses et en recettes.
Il préside le comité ministériel d'audit et assure la coordination et le suivi des audits internes que programme cette instance.
Il élabore les orientations des ministères en matière de politique immobilière et suit leur application. Il apporte l'expertise nécessaire à une gestion efficiente du patrimoine immobilier des directions et services et peut assurer pour eux la maîtrise d'ouvrage et la conduite de certaines opérations.