Le comité dispose d'un secrétariat permanent, assuré par un ou plusieurs agents des services ou organismes mentionnés à l'article 9, dont l'un au moins est compétent en matière de lutte contre le travail illégal, désignés conjointement par les deux présidents.
Le secrétariat permanent prépare les réunions du comité et apporte son concours technique à l'organisation des opérations de contrôle. Il communique les relevés de décisions et les synthèses d'opérations à la délégation nationale à la lutte contre la fraude.
Il s'assure de la transmission, entre les services chargés du contrôle, du recouvrement et du service des prestations et allocations, des informations et documents nécessaires à l'accomplissement de leurs missions.
L'agent compétent en matière de lutte contre le travail illégal assure le traitement statistique des procès-verbaux relatifs aux infractions de travail illégal définies par le code du travail.