Les ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur désignent, parmi les membres de la commission, un coordonnateur de ses travaux, choisi parmi les personnels mentionnés aux a et c du 1° de l'article 1er du décret du 24 février 1984 précité ou au 1° de l'article 1er du décret du 28 juillet 2008 précité.
Le secrétariat de la commission est assuré par la direction générale de l'offre de soins.
Les membres de la commission sont nommés pour quatre ans par arrêté des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur, à l'exception des représentants des étudiants, des internes et des anciens internes en cours de post-internat qui sont nommés pour deux ans.