Le service de santé des armées est dirigé par un directeur central, officier général du corps des médecins des armées directement responsable devant le ministre de la défense de l'administration de l'ensemble du service.
Relèvent directement de l'autorité du directeur central :
- le bureau officiers du quatrième grade et officier généraux ;
- le bureau chancellerie ;
- le bureau communication et information.
Le directeur central est secondé par un directeur adjoint, officier général du corps des médecins des armées, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement et coordonne les travaux de la direction centrale.
Relèvent directement de l'autorité du directeur adjoint :
- le bureau " études et pilotage " ;
- le département de l'audit interne.
Le département de l'audit interne est chargé de conduire les audits de conformité, de performance et de management des organismes du service et d'émettre les recommandations qui en résultent. Il coordonne son activité avec celles des structures d'évaluation et de contrôle du ministère de la défense, du ministère chargé de la santé et de la Haute Autorité de santé.
Le directeur central préside le comité des inspecteurs du service de santé des armées, dont la composition et les attributions sont fixées par arrêté du ministre de la défense.
Il préside le comité des inspecteurs du service de santé des armées, dont la composition et les attributions sont fixées par arrêté du ministre de la défense.
Il correspond directement avec l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.