Sous l'autorité du préfet de zone, le préfet de région contribue à la préparation et à la mise en oeuvre des mesures intéressant la défense économique dans la région. A ce titre, il dispose d'une commission régionale de défense économique dont la composition et les missions sont définies par arrêté interministériel.
Le directeur régional des finances publiques est le conseiller permanent du préfet de région pour les questions économiques intéressant la défense et la sécurité nationale. En matière de sécurité économique, il exerce ces fonctions conjointement avec le directeur régional des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi.
Le préfet de région ou, en son absence, le directeur régional des finances publiques préside la commission régionale de défense économique.