Les secrétaires généraux d'établissement public d'enseignement supérieur sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du président ou du directeur de l'établissement public d'enseignement supérieur, pour une durée maximale de cinq ans renouvelable, sans que la durée totale d'occupation d'un même emploi puisse excéder dix ans.
Les fonctionnaires nommés dans un emploi de secrétaire général d'établissement public d'enseignement supérieur sont placés en position de détachement de leur corps ou cadre d'emplois d'origine.
Ils peuvent se voir retirer cet emploi dans l'intérêt du service. Le retrait d'emploi est prononcé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur après consultation du président ou du directeur de l'établissement public d'enseignement supérieur.
Lorsqu'un fonctionnaire en fin de détachement se trouve dans la situation d'obtenir, dans un délai égal ou inférieur à deux ans, la liquidation de ses droits à pension au taux maximum défini au I de l'article L. 13 du code des pensions civiles et militaires de retraite, il peut bénéficier d'une prolongation exceptionnelle de détachement dans le même emploi pour une durée maximale de deux ans. Il en va de même pour celui qui se trouve à deux ans ou moins de la limite d'âge qui lui est applicable.