Les emplois de secrétaire général d'établissement public d'enseignement supérieur sont répartis, en fonction notamment de l'importance du budget et des effectifs d'étudiants de l'établissement, en trois groupes I, II et III par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
L'emploi de secrétaire général d'établissement public d'enseignement supérieur classé dans le groupe I comporte huit échelons, celui classé au groupe II en comporte sept et celui classé au groupe III en comporte six. La durée du temps passé dans chaque échelon pour accéder à l'échelon supérieur est de un an au premier échelon, un an six mois au deuxième et au troisième échelons, deux ans six mois au quatrième et au cinquième échelons, deux ans au sixième échelon, trois ans au septième échelon.