Dans les cas où le prélèvement comporte trois échantillons, le premier échantillon est laissé à la garde du directeur de l'établissement. Si le directeur de l'établissement, ou son représentant, ou, à défaut, la personne présente lors du prélèvement refuse de conserver l'échantillon en dépôt, mention en est faite au procès-verbal dressé en application de l'article R. 521-2-5 et l'échantillon est conservé dans les mêmes conditions que celles prévues pour le troisième échantillon décrites ci-après.
Le deuxième échantillon est destiné au laboratoire chargé des analyses ou des essais.
Le troisième échantillon est conservé, aux fins d'expertise judiciaire, par le service dont relève l'agent effectuant le contrôle dans un endroit qu'il désigne ou par le laboratoire chargé des analyses ou des essais avec l'accord de ce dernier dans des conditions de stockage garantissant la conservation optimale de son état initial conformément aux bonnes pratiques de laboratoire. Cet échantillon est conservé jusqu'au règlement définitif de l'affaire.