L'habilitation peut être suspendue ou retirée par le ministre de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche en cas de :
-non-respect de la réglementation et des instructions techniques diffusées par l'établissement public l'Institut français du cheval et de l'équitation en matière d'identification ;
-non-communication dans un délai de huit jours à l'établissement public l'Institut français du cheval et de l'équitation d'un signalement relevé ou d'un élément relatif à la pose d'un transpondeur ou de toute autre marque complémentaire apposée ;
-falsification d'un document d'identification ;
-non-déclaration à l'Institut français du cheval et de l'équitation d'une substitution d'équidé ou d'une différence de signalement constatées lors d'un contrôle d'identité ;
-identification de chevaux dont l'identificateur est propriétaire ou copropriétaire ;
-erreur manifeste commise lors des opérations d'identification.