Le commandement de la gendarmerie de l'armement est exercé par un officier supérieur ou général de gendarmerie qui relève du directeur général de la gendarmerie nationale et, pour ce qui concerne son emploi, du délégué général pour l'armement, dans le domaine de sa spécialisation.
Le commandant de la gendarmerie de l'armement dispose d'un état-major, d'une section de recherches et d'un groupe de protection.
Dans l'exercice de ses fonctions, le personnel de la gendarmerie de l'armement reste placé sous l'autorité des chefs hiérarchiques de la gendarmerie de l'armement.