Le secrétaire général est assisté dans l'exercice de ses fonctions par un adjoint ainsi que par :
― la mission des affaires générales, dont l'organisation est précisée par l'article 9 ;
― le réseau d'appui aux personnes et aux services, dont l'organisation est précisée à l'article 9-1 ;
― la délégation à la mobilité et aux carrières, chargée des nominations aux emplois fonctionnels d'encadrement supérieur d'administration centrale et des services déconcentrés, assistée d'une mission de gestion de l'encadrement supérieur ;
- la mission de pilotage du programme budgétaire 215 " conduite et pilotage des politiques de l'agriculture " chargée de la gestion budgétaire et comptable et de la performance de ce programme, du développement du contrôle de gestion au sein du secrétariat général, et, à ce titre, de la coordination de l'ensemble des services de l'administration centrale concernés par le programme.