Un comité de pilotage, présidé par le ministre ou son représentant, définit le programme annuel ainsi que les orientations stratégiques du CHEMI.
Le comité de pilotage est composé :
1° Du secrétaire général ou de son représentant ;
2° Du directeur général des collectivités locales ou de son représentant ;
3° Du directeur général de la police nationale ou de son représentant ;
4° Du directeur général de la gendarmerie nationale ou de son représentant ;
5° Du directeur des libertés publiques et des affaires juridiques ou de son représentant ;
6° Du directeur de la sécurité civile ou de son représentant ;
7° Du chef de l'inspection générale de l'administration ou de son représentant ;
8° Du directeur de la modernisation et de l'action territoriale ou de son représentant ;
9° De deux personnalités qualifiées : un parlementaire et un universitaire.
Des experts ou personnalités extérieures peuvent être invités à s'exprimer devant le comité de pilotage à l'invitation de son président.