Le service comptable de l'Etat comprend la sous-direction de la comptabilité de l'Etat, la sous-direction des dépenses de l'Etat et des opérateurs ainsi que, directement rattachées au chef du service, une mission de mise en œuvre du projet CHORUS, une mission de révision du règlement général sur la comptabilité publique et une mission " doctrine comptable et contrôle interne comptable " conjointement rattachée au service des collectivités locales.