Les dépenses directement liées à la réalisation des opérations d'investissement relevant de la mission de l'établissement public relèvent de sa gestion budgétaire directe.
Les personnels et les moyens de fonctionnement de l'établissement lui sont fournis par l'Agence publique pour l'immobilier de la justice. Une convention passée entre les deux établissements prévoit les modalités de détermination de la rétribution versée en contrepartie par l'établissement public à l'agence.