Les opérations de nettoyage et de désinfection prévues aux articles 11 et 12 du présent arrêté sont effectuées sous contrôle du vétérinaire sanitaire. Elles sont engagées dès que la totalité du lot a été abattue, et au plus tard dans un délai de trois semaines.
Les fumiers doivent être retirés du bâtiment et bâchés ou, à défaut stockés à l'abri de la faune sauvage et des intempéries, avant les opérations de nettoyage et de désinfection. Les tracteurs et autres matériels de manipulation du fumier doivent être décontaminés après cette opération. Le stockage et l'épandage des déjections animales et des eaux de nettoyage ne doivent pas constituer une source de contamination pour l'environnement. Dans le respect des prescriptions réglementaires en vigueur, les eaux de nettoyage doivent être soit évacuées dans une fosse ou vers un réseau d'eaux usées, soit traitées avec la litière. Lorsqu'elles sont dirigées vers un dispositif de stockage sur le site d'élevage, provisoire ou non, celui-ci doit être vidé et désinfecté à l'issue du chantier de nettoyage et de désinfection. Le nettoyage et la désinfection des locaux d'élevage, du parcours et des annexes ainsi que du matériel sont effectués selon un protocole écrit, établi avant la mise en œuvre du chantier et approuvé par le vétérinaire sanitaire, à l'aide de produits agréés pour la désinfection dans le cas de maladies contagieuses. Ce protocole doit également prendre en compte la lutte contre les animaux, notamment les insectes et les acariens indésirables, ainsi que la décontamination des abords.
La durée du vide sanitaire après les opérations de nettoyage et de désinfection des locaux ainsi que du matériel d'élevage (d'alimentation, silos, abreuvoirs, bacs réservoirs d'eau, tuyauteries, etc.) doit permettre un assèchement le plus complet possible des locaux et du matériel.
Leur efficacité doit être vérifiée par un contrôle visuel de la qualité du nettoyage et par un contrôle bactériologique négatif des bâtiments, des parcours et des abords vis-à-vis de Salmonella, avant le repeuplement des locaux. Les prélèvements doivent être effectués par le vétérinaire sanitaire du troupeau suivant les modalités précisées par instruction ministérielle et analysés dans un laboratoire agréé. Les prélèvements et analyses font l'objet d'une participation financière de l'Etat.