L'Observatoire de la Côte d'Azur est soumis au contrôle financier de l'Etat prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat instituant le contrôle financier des offices et établissements autonomes de l'Etat. Les modalités particulières d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé des finances.