Dans la branche du contrôle des opérations commerciales et d'administration générale, les agents des douanes pour l'administration de Mayotte sont chargés de l'application des droits et taxes, du contrôle de l'accomplissement des formalités, de la gestion des contributions indirectes et des travaux d'administration générale des services.
Dans la branche de la surveillance, ils sont chargés de la surveillance du territoire douanier et des zones en dehors de ce territoire sur lesquelles s'exerce le contrôle douanier. Ils participent à l'application des droits et taxes et au contrôle de l'accomplissement des formalités relatives aux personnes et aux marchandises. Ils peuvent être chargés de fonctions techniques pour la mise en oeuvre et l'entretien des matériels utilisés par l'administration des douanes.