Chaque conseil de la fonction militaire dispose d'un secrétariat permanent dirigé par un secrétaire général, officier supérieur, désigné par le ministre de la défense. Le secrétaire général du conseil de la fonction militaire de la gendarmerie nationale est désigné par le ministre de la défense sur proposition du ministre de l'intérieur.
Le secrétaire général assiste aux sessions, mais ne participe pas aux votes.
Les secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire relèvent directement des vice-présidents mentionnés à l'article R. 4124-8.
Le ou les ministres intéressés peuvent déléguer leur signature aux secrétaires généraux pour les besoins du fonctionnement des conseils de la fonction militaire.