Le directeur est nommé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture pris après avis du conseil d'administration. Toutefois, dans le cas des directeurs des établissements mentionnés aux aux 1°, 2°, 3°, 4° et 9° de l'article D. 812-1, cet arrêté est pris conjointement avec le ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Seul le secrétaire général qui en assure le secrétariat peut assister aux séances du conseil d'administration au cours desquelles sont examinées les candidatures au poste de directeur de l'établissement.