Le conseil d'administration comprend trente-deux membres ainsi répartis :
a) Membres de droit :
― deux représentants de l'Etat, dont un représentant du ministre chargé de l'agriculture et un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur, ou leurs suppléants, nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture ;
― quatre représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements désignés respectivement par leur organe délibérant, ou leurs suppléants ; ces collectivités ou groupements sont choisis par le conseil d'administration ;
b) Membres nommés :
― dix personnalités qualifiées, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont au moins une parmi les anciens élèves ;
c) Membres élus :
― quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ou leurs suppléants ;
― quatre représentants des maîtres de conférences et personnels assimilés et des autres personnels enseignants ou leurs suppléants ;
― quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
― quatre représentants des étudiants ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat.