Le conseil scientifique comprend vingt-sept membres ainsi répartis :
a) Le directeur général de l'établissement ;
b) Treize personnalités désignées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture en raison de leur compétence scientifique ou professionnelle ;
c) Treize membres élus :
― quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ;
― trois représentants des personnels enseignants, des ingénieurs et des chercheurs, titulaires de l'habilitation à diriger des recherches ;
― trois représentants des personnels enseignants, des ingénieurs et des chercheurs, titulaires du doctorat n'appartenant pas à la catégorie précédente ;
― deux représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens n'appartenant à aucune des deux catégories précédentes ;
― un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement.
Le conseil scientifique élit le président en son sein parmi les personnalités désignées au b.
Toute personne désignée par le conseil d'administration ou dont le président du conseil scientifique estime la présence nécessaire assiste aux réunions avec voix consultative.