L'agent comptable ne peut exercer ses fonctions sans avoir été installé par le responsable du service mentionné à l'article R. 155-1 ou son représentant et par le trésorier-payeur général ou son représentant, en présence du président du conseil d'administration et du directeur de l'organisme. Au préalable, il doit fournir en garantie de sa gestion un cautionnement dont le montant est fixé par un arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale. Ce cautionnement est à la charge exclusive de l'agent comptable.
Simultanément à l'installation de l'agent comptable entrant, il est procédé à la remise de service de l'agent comptable sortant.L'installation de l'agent comptable et la remise de service de l'agent comptable sortant donnent lieu à l'établissement d'un procès-verbal dressé contradictoirement.
L'agent comptable entrant dispose d'un délai de six mois, renouvelable une fois, pour formuler des réserves écrites, motivées de façon précise sur la gestion de son prédécesseur ; il adresse ses réserves aux autorités ayant procédé à son installation et à sa remise de service.