Les opérations de nettoyage et désinfection prévues à l'article 16 du présent arrêté sont effectuées sous le contrôle du vétérinaire sanitaire et du directeur en charge des services vétérinaires. Elles sont engagées dès l'élimination du troupeau, et au plus tard dans un délai de six semaines après celle-ci.
Les déjections liquides ou solides et les fumiers doivent être retirés du bâtiment et bâchés, ou à défaut stockés à l'abri de la faune sauvage et des intempéries avant les opérations de nettoyage et désinfection. Les tracteurs et autres matériels de manipulation du fumier doivent être décontaminés après cette opération. Le stockage, ainsi que l'épandage des déjections animales et des eaux de nettoyage, ne doivent pas constituer une source de contamination pour l'environnement. Les eaux de nettoyage doivent être évacuées soit dans une fosse, soit vers un réseau d'eaux usées et dans le respect des prescriptions réglementaires en vigueur. Lorsqu'elles sont dirigées vers un dispositif de stockage, provisoire ou non, celui-ci doit être vidé et désinfecté à l'issue du chantier de nettoyage et désinfection. Le nettoyage et la désinfection des locaux d'élevage et de leurs annexes ainsi que du matériel sont effectués selon un protocole écrit, établi avant la mise en œuvre du chantier et approuvé par le vétérinaire sanitaire, à l'aide de produits agréés pour la désinfection dans le cas de maladies contagieuses. Ce protocole doit également prendre en compte la lutte contre les animaux, notamment les insectes et les acariens indésirables, ainsi que la décontamination des abords.
La durée du vide sanitaire après les opérations de nettoyage et de désinfection des locaux ainsi que du matériel d'élevage (nids de ponte, chaînes d'alimentation, silos, abreuvoirs, bacs réservoirs d'eau, tuyauteries, etc.) doit permettre un assèchement le plus complet possible des locaux et du matériel.
L'efficacité des opérations de nettoyage et désinfection doit être validée officiellement par un contrôle visuel de la qualité du nettoyage et par un contrôle bactériologique négatif des surfaces vis-à-vis de tout sérovar de Salmonella, avant le repeuplement des locaux. Les contrôles doivent être effectués suivant les modalités précisées par instructions ministérielles. Lorsqu'une ou plusieurs séries supplémentaires de contrôles bactériologiques sont nécessaires pour valider officiellement le résultat de la décontamination, leur coût est à la charge du propriétaire des animaux.