L'arrêté préfectoral de mise sous surveillance prévoit que le ou les troupeaux sont immédiatement séquestrés et maintenus isolés. En l'attente du résultat des analyses de confirmation prévues à l'article 12 et à l'annexe III du présent arrêté :
a) Tout traitement antibiotique est interdit ;
b) Les œufs à couver sont stockés à part, dans un local approprié de façon à éviter toute dissémination de l'infection. Sur autorisation du directeur en charge des services vétérinaires, ils peuvent être mis sur le marché après avoir subi un traitement thermique garantissant la destruction des salmonelles ;
c) Tout mouvement de volailles à destination ou en provenance des bâtiments ou des enclos du site d'élevage du troupeau suspect est interdit, sauf autorisation du directeur en charge des services vétérinaires ;
d) Tout mouvement de fientes et de matériel à partir du site d'élevage est interdit, sauf autorisation du directeur en charge des services vétérinaires. Les mesures de biosécurité sont renforcées pour limiter l'extension de l'infection éventuelle ;
e) Les œufs en incubation au moment de la déclaration de suspicion doivent être manipulés et traités à part lors de l'éclosion. Un protocole de désinfection renforcée des locaux du couvoir doit être aussitôt mis en œuvre et son efficacité doit être contrôlée ;
f) Le directeur en charge des services vétérinaires interdit la livraison des poulettes d'un jour issues des œufs en incubation provenant du troupeau suspect et destinées à des élevages soumis à un plan de lutte visant le sérotype identifié.
Par dérogation au point a du présent article, lorsque le troupeau présente des symptômes cliniques liés à l'infection par les salmonelles, susceptibles d'induire des souffrances aux animaux, ou lorsqu'il s'agit de préserver le matériel génétique de troupeaux « élite », de troupeaux de races menacées ou de troupeaux élevés à des fins de recherche, le vétérinaire du troupeau peut prescrire, sur autorisation préalable du directeur en charge des services vétérinaires, et après réalisation d'un antibiogramme, un traitement antibiotique. La gestion de tels troupeaux fait alors l'objet d'un protocole de surveillance et de gestion établi par le vétérinaire sanitaire, avec l'accord du directeur en charge des services vétérinaires ; en particulier, il est possible de surseoir à l'élimination des troupeaux « élite », des troupeaux de races menacées ou des troupeaux élevés à des fins de recherche.