Le service central de la gestion budgétaire et des comptabilités comprend deux sous-directions :
1. La sous-direction de la gestion budgétaire qui comprend trois bureaux :
― le bureau de la gestion des opérations d'armement et activités connexes ;
― le bureau de la gestion des rémunérations et du fonctionnement ;
― le bureau de la gestion des études de défense et de la recherche duale.
En outre, la sous-direction de la gestion budgétaire comprend une cellule chargée du compte-rendu d'exécution des dépenses et recettes.
2. La sous-direction des comptabilités qui comprend trois bureaux :
― le bureau de l'expertise réglementaire comptable et du suivi des comptabilités ;
― le bureau des restitutions et de l'analyse comptables ;
― le bureau du contrôle interne comptable.