Le comité directeur est présidé par le directeur des ressources humaines du ministère de la défense ou, en cas d'absence ou d'empêchement, par le directeur du centre de formation au management du ministère de la défense.
Outre son président, ce comité directeur comprend :
― le chef d'état-major des armées ;
― le délégué général pour l'armement ;
― le secrétaire général pour l'administration ;
― le chef d'état-major de l'armée de terre ;
― le chef d'état-major de l'armée de l'air ;
― le chef d'état-major de la marine ;
― le directeur du service de santé des armées ;
― le directeur du service des essences des armées ;
― chaque membre peut se faire représenter en cas d'absence ou d'empêchement.
Le président peut inviter à participer au comité, tout expert reconnu pour sa particulière implication dans l'un des domaines d'activité du centre.
Le chef du contrôle général des armées est informé des réunions du comité directeur, auxquelles il peut assister, avec voix consultative, ou se faire représenter.