La direction scientifique du site de Fontainebleau est chargée :
― du fonctionnement scientifique du site ;
― de la préparation du déménagement des fonds en coordination avec la mission du projet « Pierrefitte-sur-Seine » ;
― de la définition du projet scientifique à l'ouverture du site de Pierrefitte-sur-Seine ;
― de la collecte des archives publiques pour l'ensemble du service Archives nationales en lien avec la direction générale des patrimoines ;
― de la gestion des espaces de conservation et de communication du site.
Elle relaie l'action de la direction administrative et financière sur le site.