La commission établit son règlement intérieur.
Elle se réunit sur la convocation de son président ou du ministre chargé des petites et moyennes entreprises, du commerce et de l'artisanat.
En cas d'absence du président, la commission est présidée par son vice-président, désigné par le ministre chargé des petites et moyennes entreprises, du commerce et de l'artisanat, parmi les représentants des secteurs d'activité.
Huit jours avant la réunion, les membres titulaires et suppléants de la commission reçoivent l'ordre du jour et les dossiers de candidature accompagnés du rapport d'instruction établi par le rapporteur spécial et des réponses des organismes sollicités pour avis.
La commission ne peut valablement prononcer d'avis qu'en présence d'au moins la majorité de ses membres titulaires ou suppléants. Les avis sont émis à la majorité des membres présents ou représentés. A défaut d'être représenté par son suppléant, un membre titulaire peut déléguer son pouvoir à un autre membre titulaire ou suppléant de la commission.
En cas de partage égal des voix, le président a voix prépondérante.
Aucun membre de la commission, ainsi que le président, ne peut délibérer dans une affaire où il a un intérêt personnel et direct ou s'il représente ou a représenté une des parties intéressées.
La commission peut décider d'entendre l'auteur de la demande d'attribution du label ou toute autre personne qui en fait la demande.