Le représentant de l'Etat dans la région, le département, la collectivité territoriale de Corse et dans les départements d'outre-mer, délégué de l'agence, en est l'ordonnateur secondaire pour les programmes d'intervention et les crédits qui lui sont délégués par le directeur général.
Le délégué assure l'instruction des demandes de financement et des dossiers de convention. Il attribue les subventions allouées par l'agence et signe avec la personne bénéficiaire les conventions dont ces subventions sont assorties.
Il instruit les demandes de versement de subvention formulées par les collectivités territoriales, les établissements publics de coopération intercommunale et les organismes publics ou privés, notamment les associations, et contrôle l'exécution des opérations qui en font l'objet.
Les projets d'actes et documents émanant du délégué de l'agence en sa qualité d'ordonnateur secondaire sont soumis à l'autorité chargée du contrôle financier placée auprès de l'autorité administrative déconcentrée.
Un arrêté cosigné par le ministre chargé du budget et les ministres de tutelle précise les modalités de ce contrôle.
Il établit chaque année, à l'attention du directeur général de l'agence, un rapport relatif à l'état d'avancement des conventions signées, en particulier celles concernant les quartiers prioritaires de la politique de la ville.
Un délégué adjoint est nommé par le directeur général de l'agence sur proposition du représentant de l'Etat. Le délégué délègue sa signature en tant que de besoin au délégué adjoint et aux personnels placés sous son autorité qui apportent leur concours à l'agence.