Le Centre national de la recherche scientifique est administré par un conseil d'administration présidé par le président du centre.
Le président du centre assure la direction générale de l'établissement.
Il est assisté d'un ou plusieurs directeurs généraux délégués.
Le comité national de la recherche scientifique, placé auprès du Centre, est une instance de conseils scientifiques et d'évaluation. Il comprend des représentants élus des personnels de recherche. Il est composé :
- d'une part des sections spécialisées par discipline, des commissions interdisciplinaires et des conseils scientifiques d'institut ;
- et d'autre part du conseil scientifique.
Les unités de recherche relevant du Centre national de la recherche scientifique sont dotées d'instances consultatives, les conseils de laboratoires, où sont représentés les personnels. Des conseils de laboratoires peuvent être créés dans les unités associées au centre dans les conditions prévues à l'article 17.