Le directeur de l'institut est chargé par le directeur général du Centre national de la recherche scientifique de la préparation et de l'exécution du budget de l'institut. Ce budget donne lieu à l'établissement d'un document distinct du budget du Centre national de la recherche scientifique ; il est approuvé et modifié dans les mêmes formes que le budget du Centre national de la recherché scientifique.
Le directeur de l'institut est consulté par le directeur général des enseignements supérieurs et de la recherche au ministère de l'éducation nationale ou par le directeur général du Centre national de la recherche scientifique sur la répartition des crédits d'équipement et de fonctionnement entre les organismes de recherche mentionnés à l'article 3, ainsi qu'en matière d'emploi scientifique dans les domaines de sa compétence.
Il représente en matière de coopération internationale, pour les missions qui lui sont confiées, l'ensemble des organismes concernés.