Le directeur de l'Institut national des sciences de l'univers est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre de l'éducation nationale après avis du directeur général du Centre national de la recherche scientifique et du directeur général des enseignements supérieurs et de la recherche au ministère de l'éducation nationale.
Les fonctions de directeur de l'institut national des sciences de l'univers et celles de directeur scientifique responsable du département qui regroupe au Centre national de la recherche scientifique, les disciplines relatives à l'astronomie, aux sciences de la Terre, de l'océan, de l'atmosphère et de l'espace, sont exercées simultanément par la même personne.
Cette dernière reçoit délégation de pouvoirs du directeur général du Centre national de la recherche scientifique, dans les conditions prévues à l'article 8 du décret du 24 novembre 1982 susvisé, aux fins de gestion de l'institut, de représentation du Centre national de la recherche scientifique dans tous les actes ressortissant à la mission de l'institut. Elle peut déléguer sa signature.
Les fonctions de directeur de l'institut sont incompatibles avec celles de directeur d'un des organismes en relevant.
Le directeur de l'institut peut être assisté par un ou plusieurs directeurs adjoints nommés sur sa proposition et après avis du directeur général des enseignements supérieurs et de la recherche au ministère de l'éducation nationale, par le directeur général du Centre national de la recherche scientifique. Les fonctions de directeur adjoint de l'institut et du département précité peuvent être conjointes.