Les points de rejet dans le milieu naturel des eaux souillées traitées et des eaux pluviales non polluées sont différents et en nombre aussi réduit que possible.
Les différents effluents sont traités de la façon suivante :
― les eaux pluviales sont rejetées dans le milieu naturel ou dans le réseau pluvial desservant l'installation, s'il existe ;
― les eaux souillées sont épurées de façon à respecter les valeurs de rejet définies à l'annexe II.
Les installations sont équipées de dispositifs de prétraitement des effluents destinés à retenir et recueillir les matières solides d'origine animale. Ces dispositifs de prétraitement sont situés en amont du processus de traitement ; ils sont constitués de cribles dont les mailles n'excèdent pas 6 mm, ou des systèmes équivalents assurant que la taille des particules solides présentes dans les effluents qui passent au travers du système n'est pas supérieure à 6 mm.
Les eaux souillées traitées sont évacuées vers un réseau extérieur d'assainissement dans les conditions fixées à l'article L. 1331-10 du code de la santé publique. Les refus de dégrillage sont destinés à être incinérés.