L'armement des phares et balises est chargé d'assurer l'armement et la mise à disposition de moyens nautiques pour répondre aux besoins des directions départementales de l'équipement et services maritimes spécialisés, principalement pour les missions de signalisation maritime et, dans les départements d'outre-mer et de Corse-du-Sud, pour les missions de dragage, de bathymétrie et de travaux portuaires. Ces moyens nautiques lui sont affectés par la direction des affaires maritimes.
Les conditions de mise à disposition de ces moyens nautiques, ainsi que le support logistique assuré par les directions départementales de l'équipement et les services maritimes spécialisés, vis-à-vis de l'armement des phares et balises, font l'objet de conventions.