La direction des affaires juridiques est responsable du contentieux du ministère. A ce titre, elle assure le traitement des dossiers devant les juridictions judiciaires et administratives.
Elle a en charge la protection des agents de l'Etat prévue aux articles L. 4123-10 du code de la défense et 11 de la loi du 13 juillet 1983 susvisée.
Sous réserve des délégations de compétences accordées en la matière, elle assure, en ce qui concerne les missions relevant du ministère de la défense, le règlement des dommages causés ou subis par le personnel et les organismes du ministère ainsi que par les éléments des armées étrangères stationnées sur le territoire national en vertu d'accords internationaux.