Lorsque le projet est sélectionné par appel à candidatures défini notamment aux articles 6 et 15, une subvention peut être accordée aux exploitations agricoles pour financer les dépenses d'investissement individuel ou collectif, en lien avec une activité d'élevage, destinées à la modernisation des exploitations d'élevage au regard des objectifs visés par l'article 3. Cette sélection par appel à candidatures ne s'applique pas aux projets PMBE déposés au titre de l'axe 4 (LEADER) du PDRH.
Une subvention peut être accordée aux exploitations agricoles ou aux coopératives d'utilisation de matériel agricole (CUMA) situées en zone de montagne pour compenser les surcoûts liés à l'utilisation de certains matériels agricoles en zone de montagne dénommée « aide à la mécanisation en zone de montagne ».