Le directeur général est assisté d'un directeur général adjoint, nommé par décret pris sur le rapport du ministre de la défense et du ministre chargé de l'industrie, après avis du directeur général et du comité d'orientation prévu à l'article 15.
Le directeur général adjoint est chargé de mettre en oeuvre les missions de l'établissement dans les domaines relevant de la défense. Il est également chargé de mettre en oeuvre les missions mentionnées aux d et e du I de l'article 1er.
Il instruit et délivre, au nom de l'Etat, les accords d'exécution mentionnés à l'article R. 1333-17 du code de la défense.
A cet effet, il dispose en particulier d'une direction de l'expertise nucléaire de défense. Il est chargé de la préparation et de l'exécution des décisions concernant l'organisation et le fonctionnement des services de cette direction, des présentations pour la nomination du personnel à y affecter, de la gestion des moyens qui lui sont alloués, de la mise en oeuvre des programmes et des opérations qui lui incombent et de la négociation des conventions avec les organismes et autorités qui font appel à ses services. Il propose les programmes d'activité de la direction de l'expertise nucléaire de défense.
Il prépare les séances du comité d'orientation prévu à l'article 15 et l'instruction des dossiers soumis à ce comité. Il assiste aux séances du comité d'orientation.
Il peut assister aux séances du conseil scientifique prévu à l'article 16.