Pendant la période de liquidation, le régime financier et comptable applicable à l'établissement est maintenu en vigueur. Le contrôle financier de l'Etat continue de s'exercer selon les modalités en vigueur.
L'agent comptable du centre d'éducation populaire et de sport de Franche-Comté en fonction à compter du 1er septembre 2009 est chargé de la liquidation des comptes de l'établissement.