L'affectation par une procédure informatisée se déroule de la façon suivante :
Chaque jour, par tranche de rang de classement dite tranche active, tenant compte de l'ordre du classement et pendant une période définie par arrêté, l'affectation définitive des candidats concernés est rendue publique en fin de journée sur internet.
Aucune affectation ne peut être prononcée lorsque le candidat, dont le deuxième cycle des études médicales a été validé, n'a pas émis de voeux et ne s'est pas connecté au système. Toutefois, il a la possibilité, en cours de procédure, de demander à être rattaché à une tranche active suivante. Dans ce cas, il fait connaître expressément à l'administration sa décision de renoncer au bénéfice de son rang de classement, son affectation sera prononcée en priorité dans la tranche active à laquelle il est rattaché.
Tous les candidats non encore affectés ont communication des postes non attribués et ont la possibilité de modifier leurs voeux.
Un candidat qui n'a pas pu obtenir une affectation en raison de l'insuffisance du nombre des voeux qu'il a exprimés sera affecté sur un poste constaté disponible après affectation du dernier candidat de la liste.
Pour pouvoir se connecter au site sécurisé d'hébergement de l'application informatique de choix de postes des internes, le ministre chargé de la santé fait remettre à chaque candidat, le jour des épreuves écrites organisées en application de l'arrêté du 24 février 2005 susvisé, une enveloppe fermée individualisée contenant les codes personnels et confidentiels d'accès au site.