La commission nationale mixte se réunit à l'initiative du président.
Chacun des deux vice-présidents peut obtenir, de droit, une fois par an, la réunion de la commission. Elle se réunit, également, sur demande présentée soit par la SNCF, soit par l'ensemble des organisations syndicales, soit sur demande conjointe des deux vice-présidents.
Lorsqu'une demande de réunion est présentée seulement par une ou plusieurs organisations syndicales, le président en informe les autres organisations. Il apprécie, après consultation des vice-présidents, l'opportunité de la réunion. S'il estime ne pas devoir tenir la commission, il en informe les demandeurs en motivant son refus.
Les demandes de réunion sont présentées sous forme de requêtes motivées adressées au président, datées et signées.
Le président, après consultation des deux vice-présidents, fixe l'ordre du jour de la réunion et l'adresse aux membres de la commission dans un délai qui, sauf urgence dûment motivée, ne peut être inférieur à dix jours calendaires. Il joint le cas échéant à l'ordre du jour tout document utile à la bonne information des membres de la commission.
Les délibérations de la commission nationale mixte sont consignées dans des procès-verbaux.